Myšlienka vytvoriť múzeum vznikla už v roku 1897, ale založené bolo 21. decembra 1903 ako Múzeum Šarišskej župy. Z územia celej Šarišskej župy bolo v krátkom čase sústredených takmer 3000 kusov muzeálne cenných predmetov. Prvá historická expozícia, (zameraná na dejiny Šariša), bola otvorená 23. júna 1907 v budove mestskej radnice. Vystavený materiál bol darovaný alebo deponovaný z rôznych, predovšetkým cirkevných inštitúcií a organizácií. Bez veľkých zmien pretrvala dve svetové vojny. Reinštalácie expozície sa uskutočnili v rokoch 1954, 1967 a 1991. V súčasnosti dokumentuje historické, prírodné a spoločenské pomery regiónu Horného Šariša. Celoslovenskú pôsobnosť má v oblasti dokumentácie ikonopisnej tvorby východného obradu. Spravuje vyše 700 000 zbierkových predmetov z najrozličnejších oblastí múzejnej práce. Pre túto svoju rozsiahlu činnosť múzeum postupne získalo okrem historickej radnice aj dalšie objekty.