Samotný kostol bol postavený ako pánsky kostolík tzv. kolonizačného typu. Je zasvätený Duchu Svätému. Dodnes sa takmer bez porušenia zachovala jeho charakteristická obdĺžniková loď s rovno ukončenou štvorcovou svätyňou a hranolovou vežou s dvoma radmi združených neskororománskych okien. Začali ho stavať v roku 1245, potom sa práce na istý čas prerušili. Dokončili ho asi v roku 1274. Je typickým predstaviteľom prechodného románsko-gotického slohu.Tento prechod najlepšie vidieť na južnom portáli. Začali ho stavať ešte ako románsky, no dokončili ako gotický. Kostol mal spočiatku rovné drevené kazetové stropy. Presbytérium dostalo klenbu asi v polovici 14. storočia, loď po požiari v druhej polovici 15. storočia. Donátorom bol jeden z potomkov grófa Jána, ktorý ju dal zaklenúť gotickou krížovou klenbou na centrálny stĺp. Vzniklo tak typické spišské dvojlodie, ktoré malo symbolizovať rajskú záhradu so stromom života uprostred.