Patří mezi nejvýznamnější jeskynní systémy Moravského krasu. Má bohatou a z velké části i smutnou historii. Labyrint temných chodeb a dómů byl vytvořen ponorovou činností Křtinského potoka. Podle záznamů jej navštěvovali již v 17. století mastičkáři, kteří zde nacházeli kosti pravěké zvířeny. V tomto období také předkládá první popis jeskynních prostor mnich Martin Alexander Vigsius. Následovala práce Jana Ferdinanda Hertolda z roku 1669 Tartaro-Mastix Moravie, kde popisuje otvory do chodeb a propastí, které se dosud nikdo neodvážil prozkoumati. V 19. století se jeskyni věnovala řada badetelů jako například Dr. Jindřich Wankel nebo Dr. Martin Kříž. Byly vykresleny podrobné mapy a prováděna řada speleologických a paleontologických výzkumů. V 20. letech 20. století byla jeskyně poznamenána těžbou fosfátových hlín. Během těžby však byly objevena některé nové prostory.